所长、党总支书记

主持沙漠所全面工作。对新疆气象局负责，负责向上级的工作汇报。具体负责沙漠所改革工作。

专职副书记

协助所长分管党建和党风廉政建设、纪检、巡察、精神文明建设、科普与宣传、工会、团支部等工作。

副所长

协助所长分管科技管理、外事、计划财务、决策咨询、管理创新等工作。联系中亚气象研究室、云水资源研究室。

副所长

计财处挂职。

副所长

协助所长分管人事人才、老干、行政后勤、成果转化、专业气象服务、科技支撑平台、改善科研条件专项等工作。联系综合办公室（党建办）、科技创新协同中心。

副所长

协助所长分管对口援疆、业务服务、维护稳定、安全生产等工作。联系沙漠气象研究室、数值预报研发室。

总工

协助所领导负责沙漠所科技创新发展重大规划、重点项目等领域的技术管理工作，以及推进沙漠所改革相关规章制度的完善,协助联系中亚天气气候研究室。